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Modo de uso
- Faça o download da imagem em seu computador:
docker pull registry.codigos.ufsc.br/bioinfo/trimmomatic-0.39
- Crie um diretório de trabalho(
$HOME/trimmomatic-0.39
) em seu computador e copie os seus arquivos de trabalho para ele.
mkdir $HOME/trimmomatic-0.39
cd $HOME/trimmomatic-0.39
- Inicie o container com o comando abaixo. Ao iniciar o container, você terá acesso ao bash do mesmo, podendo com isso executar o programa
trimmomatic-0.39
, fornecido por ele.
docker run -it -v $HOME/trimmomatic-0.39:/input registry.codigos.ufsc.br/bioinfo/trimmomatic-0.39 -rm
Ao iniciar o container você estará localizado no diretório /input, o mesmo está sendo compartilhado com o diretório $HOME/trimmomatic-0.39 do seu computador. Ou seja se você executar o comando ls na pasta /input do container, todos os arquivos do diretório $HOME/trimmomatic-0.39 do host, estarão lá e vice e versa.
- Para sair e finalizar o container, execute o comando abaixo.
exit