gmx_mmpbsa.md

+# gmx-MMPBSA
+Nesta documentação, sera apresentado duas formas diferentes de execuções de processamentos: 
+- Processamento Singlethread - Processamento em um único thread do processador.
+- Processamento Multithread - Processamento em  N threads do processador.
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+#### Instalação
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+- Faça o download da imagem em seu computador: 
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+```
+registry.codigos.ufsc.br/setic-hpc/gmx-mmpbsa:latest
+```
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+#### Processamento Singlethread
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+- Para o processamento Singlethread, deve ser iniciado o container, compartilhando o diretório dos modelos com a pasta `/input` do mesmo e executado o comando para inicialização do processamento:
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+```
+docker run -v "/home/modelos:/input" --rm registry.codigos.ufsc.br/setic-hpc/gmx-mmpbsa:latest bash -c "cd /input/projeto1 && python teste.py"
+```
+(Nota: Os modelos estavam no diretório `/home/modelos` do host e foi executado o modelo `projeto1`.)
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+#### Processamento Multithread
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+- Para o processamento Multithread, deve ser iniciado o container, compartilhando o diretório dos modelos com a pasta `/input` do mesmo e executado o comando para inicialização do processamento, junto com o `mpirun` para a sua paralelização, definindo o numero de `threads` necessarios para o processamento:
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+```
+docker run -v "/home/modelos:/input" --rm registry.codigos.ufsc.br/setic-hpc/gmx-mmpbsa:latest bash -c "cd /input/projeto1 && mpirun --allow-run-as-root -np 4 python teste.py"
+```
+(Nota: Os modelos estavam no diretório `/home/modelos` do host e foi executado o modelo `projeto1`, utilizando 4 `threads` para processamento.)