gmx-MMPBSA

Nesta documentação, sera apresentado duas formas diferentes de execuções de processamentos:

• Processamento Singlethread - Processamento em um único thread do processador.
• Processamento Multithread - Processamento em N threads do processador.

Instalação

• Faça o download da imagem em seu computador:

registry.codigos.ufsc.br/setic-hpc/gmx-mmpbsa:latest

Processamento Singlethread

• Para o processamento Singlethread, deve ser iniciado o container, compartilhando o diretório dos modelos com a pasta /input do mesmo e executado o comando para inicialização do processamento:

docker run -v "/home/modelos:/input" --rm registry.codigos.ufsc.br/setic-hpc/gmx-mmpbsa:latest bash -c "cd /input/projeto1 && python teste.py"

(Nota: Os modelos estavam no diretório /home/modelos do host e foi executado o modelo projeto1.)

Processamento Multithread

• Para o processamento Multithread, deve ser iniciado o container, compartilhando o diretório dos modelos com a pasta /input do mesmo e executado o comando para inicialização do processamento, junto com o mpirun para a sua paralelização, definindo o numero de threads necessarios para o processamento:

docker run -v "/home/modelos:/input" --rm registry.codigos.ufsc.br/setic-hpc/gmx-mmpbsa:latest bash -c "cd /input/projeto1 && mpirun --allow-run-as-root -np 4 python teste.py"

(Nota: Os modelos estavam no diretório /home/modelos do host e foi executado o modelo projeto1, utilizando 4 threads para processamento.)