README.md

Minimap2

Modo de uso

1. Faça o download da imagem em seu computador:

docker pull registry.codigos.ufsc.br/bioinfo/minimap2:latest

2. Crie um diretório de trabalho($HOME/minimap2) em seu computador e copie os seus arquivos de trabalho para ele.

mkdir $HOME/minimap2
cd $HOME/minimap2

3. Inicie o container com o comando abaixo. Ao iniciar o container, você terá acesso ao bash do mesmo, podendo com isso executar o programa minimap2, fornecido por ele.

docker run -it -v $HOME/minimap2:/input registry.codigos.ufsc.br/bioinfo/minimap2:latest -rm

Ao iniciar o container você estará localizado no diretório /input, o mesmo está sendo compartilhado com o diretório $HOME/minimap2 do seu computador. Ou seja se você executar o comando ls na pasta /input do container, todos os arquivos do diretório $HOME/minimap2 do host, estarão lá e vice e versa.

4. Para sair e finalizar o container, execute o comando abaixo.

exit