2. Crie um diretório de trabalho(`$HOME/bowtie2`) em seu computador e copie os seus arquivos de trabalho para ele.
```
mkdir $HOME/bowtie2
cd $HOME/bowtie2
```
3. Inicie o container com o comando abaixo. Ao iniciar o container, você terá acesso ao bash do mesmo, podendo com isso executar o programa `bowtie2`, fornecido por ele.
```
docker run -it -v $HOME/bowtie2:/input registry.codigos.ufsc.br/bioinfo/bowtie2 -rm
```
> Ao iniciar o container você estará localizado no diretório **/input**, o mesmo está sendo compartilhado com o diretório **$HOME/bowtie2** do seu computador. Ou seja se você executar o comando **ls** na pasta **/input** do **container**, todos os arquivos do diretório **$HOME/bowtie2** do **host**, estarão lá e vice e versa.
4. Para sair e finalizar o container, execute o comando abaixo.
