GitLab

Esta imagem provê o serviço de submeter trabalhos na fila do slurm e acompanhar seus status, enviando e-mails quando seus status ou posição na fila mudem. Ele utiliza uma planilha do google para buscar novos trabalhos e trabalhos submetidos anteriormente. Faz buscas no banco de dados de trabalhos que ainda estejam com status de não concluídos e atualiza suas informações na planilha.

Planilha

Caso necessário a troca da planilha utilizada atualmente, deve ser feito a alterações no arquivo /app/init.py assim como nó /app/*.json seguindo os passos do artigo.

Variaveis de Ambiente

• DB_HOST: endereço do banco de dados utilizado pelo slurm.
• DB_USER: usuário do banco de dados utilizado pelo slurm.
• DB_PASSWORD: senha do banco de dados utilizado pelo slurm.
• DB_DB: banco de dados utilizado pelo slurm.
• MAIL_SERVER: endereço SMTP utilizado para envio de e-mails.
• MAIL_PORT: porta do servidor SMTP utilizado para envio de e-mails.
• MAIL_USER: usuário de servidor SMTP utilizado para envio de e-mails.
• MAIL_PASSWORD: senha do servidor SMTP utilizado para envio de e-mails.
• MAIL_EMAIL: endereço de email utilizado para o envio.
• NFS_HOST: endereço do servidor NFS utilizado para os projetos.

Volumes

• /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock - Necessário para submeter os trabalhos na fila via docker exec (obs: o deploy desse container deve ser feito no mesmo nó que o container slurmctld)

Stack

version: "3.5"
services:
  workflow:
    image: registry.codigos.ufsc.br/setic-hpc/workflow:latest
    command: "init.py"
    environment:
      DB_HOST: '{DB_HOST}'
      DB_USER: '{DB_USER}'
      DB_PASSWORD: '{DB_PASSWORD}'
      DB_DB: '{DB_DB}'
      MAIL_SERVER: '{MAIL_SERVER}'
      MAIL_PORT: '{MAIL_PORT}'
      MAIL_USER: '{MAIL_USER}'
      MAIL_PASSWORD: '{MAIL_PASSWORD}'
      MAIL_EMAIL: '{MAIL_EMAIL}'
      NFS_HOST: '{NFS_HOST}'
    volumes:
      - /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock